A CNM destaca, ainda, que, após fazer a inserção de seus dados no Siops, o prefeito eleito também deve cadastrar o Secretário de Saúde do seu Município. Esse procedimento só pode ser realizado com o Certificado Digital. O novo Secretário de Saúde, por sua vez, deve preencher os dados do servidor municipal que ficará responsável pelo envio ao Siops dos dados das Despesas com Ações e Serviços de Saúde.